SSRP1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4IFS

Ідентифікатори

Символи

SSRP1, FACT, FACT80, T160, Structure specific recognition protein 1

Зовнішні ІД

OMIM: 604328 MGI: 107912 HomoloGene: 110735 GeneCards: SSRP1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • nucleosome binding • GO:0031493 histone binding
Клітинна компонента	• ядерце • нуклеоплазма • хромосома • клітинне ядро • FACT complex
Біологічний процес	• реплікація ДНК • transcription elongation from RNA polymerase II promoter • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription by RNA polymerase II • GO:0100026 Репарація ДНК • transcription, DNA-templated • cellular response to DNA damage stimulus • regulation of signal transduction by p53 class mediator • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6749


20833

Ensembl


ENSG00000149136


ENSMUSG00000027067

UniProt


Q08945


Q08943

RefSeq (мРНК)


NM_003146


NM_001136081 NM_182990

RefSeq (білок)


NP_003137


NP_001129553 NP_892035

Локус (UCSC)

Хр. 11: 57.33 – 57.34 Mb

Хр. 2: 84.87 – 84.88 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SSRP1 (англ. Structure specific recognition protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 709 амінокислот, а молекулярна маса — 81 075^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAETLEFNDV	YQEVKGSMND	GRLRLSRQGI	IFKNSKTGKV	DNIQAGELTE
GIWRRVALGH	GLKLLTKNGH	VYKYDGFRES	EFEKLSDFFK	THYRLELMEK
DLCVKGWNWG	TVKFGGQLLS	FDIGDQPVFE	IPLSNVSQCT	TGKNEVTLEF
HQNDDAEVSL	MEVRFYVPPT	QEDGVDPVEA	FAQNVLSKAD	VIQATGDAIC
IFRELQCLTP	RGRYDIRIYP	TFLHLHGKTF	DYKIPYTTVL	RLFLLPHKDQ
RQMFFVISLD	PPIKQGQTRY	HFLILLFSKD	EDISLTLNMN	EEEVEKRFEG
RLTKNMSGSL	YEMVSRVMKA	LVNRKITVPG	NFQGHSGAQC	ITCSYKASSG
LLYPLERGFI	YVHKPPVHIR	FDEISFVNFA	RGTTTTRSFD	FEIETKQGTQ
YTFSSIEREE	YGKLFDFVNA	KKLNIKNRGL	KEGMNPSYDE	YADSDEDQHD
AYLERMKEEG	KIREENANDS	SDDSGEETDE	SFNPGEEEED	VAEEFDSNAS
ASSSSNEGDS	DRDEKKRKQL	KKAKMAKDRK	SRKKPVEVKK	GKDPNAPKRP
MSAYMLWLNA	SREKIKSDHP	GISITDLSKK	AGEIWKGMSK	EKKEEWDRKA
EDARRDYEKA	MKEYEGGRGE	SSKRDKSKKK	KKVKVKMEKK	STPSRGSSSK
SSSRQLSESF	KSKEFVSSDE	SSSGENKSKK	KRRRSEDSEE	EELASTPPSS
EDSASGSDE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, репарація ДНК, реплікація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Література

Bruhn S.L., Pil P.M., Essigmann J.M., Housman D.E., Lippard S.J. (1992). Isolation and characterization of human cDNA clones encoding a high mobility group box protein that recognizes structural distortions to DNA caused by binding of the anticancer agent cisplatin. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89: 2307—2311. PMID 1372440 DOI:10.1073/pnas.89.6.2307
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Orphanides G., LeRoy G., Chang C.-H., Luse D.S., Reinberg D. (1998). FACT, a factor that facilitates transcript elongation through nucleosomes. Cell. 92: 105—116. PMID 9489704 DOI:10.1016/S0092-8674(00)80903-4
Dyer M.A., Hayes P.J., Baron M.H. (1998). The HMG domain protein SSRP1/PREIIBF is involved in activation of the human embryonic beta-like globin gene. Mol. Cell. Biol. 18: 2617—2628. PMID 9566881 DOI:10.1128/MCB.18.5.2617
LeRoy G., Orphanides G., Lane W.S., Reinberg D. (1998). Requirement of RSF and FACT for transcription of chromatin templates in vitro. Science. 282: 1900—1904. PMID 9836642 DOI:10.1126/science.282.5395.1900
Orphanides G., Wu W.-H., Lane W.S., Hampsey M., Reinberg D. (1999). The chromatin-specific transcription elongation factor FACT comprises human SPT16 and SSRP1 proteins. Nature. 400: 284—288. PMID 10421373 DOI:10.1038/22350

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11327 (англ.) . Процитовано 21 серпня 2017.
↑ UniProt, Q08945 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 21 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 11

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма