Omika témák listája
A rendszerbiológusok számos olyan kifejezést alkottak, melyek biológiai adatokat, leginkább egy szervezet valamilyen fajta biomolekuláit leíró teljes adathalmaz megnevezését adják; ezek a „genom” és a „genomika” példáját folytatva leginkább „-om”, illetve „-omika” végződésűek. A kifejezések egy része hierarchikus rendszert alkot. Például a genom tartalmazza az ORFeomot, ami átalakul transzkriptommá, ez pedig proteommá íródik át. Más kifejezések átfedik egymást, és a fehérjék funkcióira és/vagy struktúrájára utalnak (pl. glikom, kinom).
Témák listája
| -om | Tudományág (-omika) | Ezeket gyűjti össze | Szülőfogalom | Jegyzetek |
|---|---|---|---|---|
| Allergenom | Allergenomika[1] | Allergének proteomikája | ||
| Bibliom | Bibliomika | Tudományos bibliográfiai adatok | ||
| Trialom | Orvostudomány | Klinikai kutatások adatai a klinikai kutatás-regiszterekből, kiegészítve az eredményekkel és hivatkozásokkal az adatokat felhasználó publikációkra | ||
| Citom | Citomika | Szervezetek sejtszintű rendszerei | Sejtbiológia | |
| Konnektom | Konnektomika | Az agy strukturális-funkcionális kapcsolódásai különböző térbeli és időbeli skálákon | Idegtudomány | |
| Editom | RNS-szerkesztési helyek | |||
| Embriom | Embriomika | Embrionális sejtvonalak, a fejlődés során kifejeződő gének és jelen lévő antigének | Embriológia | |
| Epigenom | Epigenomika | Epigenetikai módosulások | Molekuláris genetika | Az epigenomika a sejtek örökítőanyaga epigenetikai változtatásainak összességét, összefoglalóan az epigenomot tanulmányozza |
| Expozom (2005) | Expozomika | Egy személy környezeti hatásoknak való kitettsége, ideértve a születés előtti környezetet is | Molekuláris genetika | Javasolt kifejezés és tudományterület a környezeti tényezők patogén hatásainak vizsgálatára (a nature vs. nurture „nurture” komponense).[2] |
| Expozom (2009) | A foglalkozási kitettségek és foglalkozási ártalmak összessége | Munkahelyi biztonság és egészségvédelem | A kifejezés ajánlói tudatában voltak az előbb említett expozom szónak, de ennek ellenére javasolták annak új területen való használatát.[3][4] | |
| Exom | Exomika | A genomban található exonok | Molekuláris genetika | |
| Farmakogenetika | Farmakogenetika | SNP-k, azok farmakokinetikai és farmakodinamikai hatásaival együtt | Farmakogenomika Genomika | |
| Farmakogenom | Farmakogenomika | A genom változásainak farmakológiai hatásai | Farmakogenetika Genomika | |
| Fenom | Fenomika | Fenotípusok | Genetika | |
| Fiziom | Fiziomika | Egy szervezet fiziológiája | ||
| Fitokemom | Fitokemomika | Fitokemikáliák | A kifejezés első használata: del Castillo et al., 2013, Food Research International, http://dx.doi.org/10.1016/j.foodres.2013.05.014. A fitokemomika a fitokemikáliák bioaktivitását vizsgálja, ami egyre fontosabb a mezőgazdaság, élelmezés, orvostudomány és kozmetika területén | |
| Foodom | Foodomika | Élelmiszerrel és táplálkozással kapcsolatos dolgok, azok összefüggései bioaktivitással, minőséggel, biztonsággal és az élelmiszerek nyomon követhetőségével, a fejlett rendszerbiológiai technológiák felhasználásával, a fogyasztó jólétének, egészségének és bizalmának növelése érdekében. | Táplálkozástudomány | A fogalmat először 2009-ben használták[5] |
| Genom | Genomika (Klasszikus genetika) | Gének (DNS-szekvenciák/Kromoszómák) | Genetika | A „genom” szó szerint egy élőlény összes génjét jelenti. Azonban a genom kifejezés megalkotásakor még nem tudták, hogy az örökítő anyag nagy részét géneket nem alkotó, nem kódoló DNS adja, ezért a genom eredetileg az élőlény teljes DNS-állományára utalt. A jelenlegi szakirodalomban szövegkörnyezettől függően mindkét definícióval találkozhatunk.[6] |
| Glikom | Glikomika | Glikánok | Glikobiológia | |
| Interferom | Interferomika | Interferonok | Immunológia | Interferome névvel szintén létezik egy adatbázis is.[1] |
| Interaktom | Interaktomika | Az összes interakció | Az interaktomika kifejezés valójában nem terjedt el. Ehelyett az interaktomokkal a rendszerbiológia foglalkozik.[7][8] | |
| Ionom | Ionomika | Szervetlen biomolekulák | Molekuláris biológia | |
| Kinom | Kinomika | Kinázok | Molekuláris biológia | Foszforiláló funkciójú fehérjék |
| Lipidom | Lipidomika[9] | Lipidek | Biokémia | |
| Mechanom | Mechanomika | A szervezeten belüli mechanikai rendszerek | ||
| Metabolom | Metabolomika | Metabolit | A biológiai reakciók köztes és végtermékei | |
| Metagenom | Metagenomika | A környezeti mintákban talált örökítőanyag | Molekuláris biológia | A mintában lévő genetikai anyag feltételezhetően több szervezetből származik, így több genom alkotja, ezért használják a meta- prefixumot. |
| Metallom | Metallomika | Fémek és félfémek | ||
| Obesidom | Obesidomika | Elhízáshoz köthető fehérjék | Proteomika | A kifejezés megalkotói Pardo et al., 2012.[2] |
| ORFeom | ORFeomika | nyitott leolvasási keretek (ORF-ek) | Molekuláris genetika | |
| Organom | Organomika | Szervek közötti interakciók | Sejtek jelzőrendszerei / szövettervezés és -előállítás | A szervek közötti kommunikáció tanulmányozása fiziológiailag releváns, in vitro modellek segítségével |
| Proteom | Proteomika | Fehérjék | Molekuláris biológia | |
| Regulom | Regulomika | Átírási faktorok és más, a génkifejezõdés szabályozásában érintett molekulák | Molekuláris biológia | |
| Researchsome | Egy kutató vagy intézet kutatási területeinek összessége | Kutatás | Ivan Erill használta a 2011-es EBM meetingen[10] | |
| Szekretom | Szekretomika | Szekretált (kiválasztódó) fehérjék | Proteomika | A proteomnak a sejtekből aktívan kivitelre kerülő fehérjékből álló részhalmaza.[11] |
| Speechom | Speecheomika | A nyelvelsajátításra ható tényezők | A Human Speechome Project által használt kifejezés[12] | |
| Transzkriptom | Transzkriptomika | mRNS-átiratok | Molekuláris biológia | |
| Toponom | Toponomika | Sejti és szöveti struktúrák | Molekuláris biológia |
Témák hierarchiája
Az érthetőség kedvéért egyes témák többször is szerepelnek a listában.
- Bibliom
- Citom
- Expozom
- Genom
- Interaktom
- Metagenom
- Molekulom
- Fiziom
- Konnektom
- Mechanom
- Membranom
- Researchsome
- Trialom [13]
- Antibodyom[14]
Jegyzetek
- ↑ Yagami T, Haishima Y, Tsuchiya T, Tomitaka-Yagami A, Kano H, Matsunaga K. (2004). „Proteomic analysis of putative latex allergens”. Int Arch Allergy Immunol 135 (1), 3–11. o. DOI:10.1159/000080036.
- ↑ Wild CP (2005). „Complementing the genome with an "exposome": the outstanding challenge of environmental exposure measurement in molecular epidemiology”. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 14 (8), 1847–50. o. DOI:10.1158/1055-9965.EPI-05-0456. PMID 16103423.
- ↑ Sablon:Cite arxiv
- ↑ Sablon:Cite arxiv
- ↑ Cifuentes, A. (2009). „Food analysis and Foodomics”. Journal of Chromatography A 1216 (43), 7109-7109. o. DOI:10.1016/j.chroma.2009.09.018.
- ↑ genome, n.. Oxford English Dictionary, 2008. március 1.
- ↑ http://www.the-scientist.com/article/display/14769/
- ↑ Main Page - Interactomics. [2008. július 6-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2014. április 5.)
- ↑ Subramaniam S, Fahy E, Gupta S, Sud M, Byrnes R.W, Cotter D, Dinasarapu A.R and Maurya M.R (2011). „Bioinformatics and Systems Biology of the Lipidome”. Chemical Reviews 111 (10), 6452–6490. o. DOI:10.1021/cr200295k. PMID 21939287.
- ↑ (2011) "15th EBM PROGRAM" Archiválva 2016. január 26-i dátummal a Wayback Machine-ben Evolutionary Biology Meeting at Marseilles'.' Hozzáférés ideje: December 14, 2011.
- ↑ Dov Greenbaum (2001). „Interrelating Different Types of Genomic Data, from Proteome to Secretome: 'Oming in on Function”. Genome Research 11 (9), 1463–1468. o. DOI:10.1101/gr.207401. PMID 11544189.
- ↑ BBC article on the Speechome Project
- ↑ (2012) „Precision and Negative Predictive Value of Links between ClinicalTrials.gov and PubMed”. AMIA ... Annual Symposium proceedings / AMIA Symposium. AMIA Symposium 2012, 400–408. o. PMID 23304310.
- ↑ Dimitrov, DS (2010. 05). „Therapeutic antibodies, vaccines and antibodyomes.”. mAbs 2 (3), 347–56. o. PMID 20400863.
További információk
- Omics.org
