Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages

La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN, denominació artificiosa que traduïda literalment seria «assignació filogenètica de llinatges de brots globals anomenats», i de forma més ajustada al que significa hauria de ser «denominació filogenètica de llinatges per al SARS-CoV-2». PANGOLIN és un programari desenvolupat per membres del Rambaut Lab, i l'aplicació web associada és desenvolupat pel Centre for Genomic Pathogen Surveillance a South Cambridgeshire (Anglaterra).[1] El seu propòsit és implementar una nomenclatura dinàmica dels llinatges del SARS-CoV-2 (el virus que causa la COVID-19), coneguda com la nomenclatura Pango.[2] Permet a un usuari assignar a una mostra de SARS-CoV-2 a un llinatge Pango comparant la seqüència del genoma de la mostra amb altres seqüències de genoma,[3] i assigna el llinatge més probable (llinatge Pango) a les seqüències de consulta SARS-CoV-2.

Tal com es descriu a Andrew Rambaut i cols. (2020),[2] un llinatge Pango es descriu com un cúmul de seqüències associades a un esdeveniment epidemiològic, per exemple, la introducció del virus en una àrea geogràfica diferent amb evidències de propagació posterior. Els llinatges estan dissenyats per capturar la vora emergent de la pandèmia i tenen una resolució de gra fi adequada per a la vigilància epidemiològica genòmica i la investigació dels brots.

Referències

  1. ↑ «Real-Time Epidemiology for COVID-19».
  2. ↑ 2,0 2,1 «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature Microbiology, 5, 11, 2020, pàg. 1403–1407. DOI: 10.1038/s41564-020-0770-5. PMID: 32669681.
  3. ↑ «Pangolin web application release», maig 2020.

Enllaços externs

  • Programari pangolin de codi lliure a GitHub.com
  • Aplicació Web
  • cov-lineages.org